Arbeitet man mit Thunderbird auf seinem lokalen Rechner sowie unterwegs mit der portablen Version von Thunderbird auf dem USB-Stick, so kann es zu Ungereimtheiten zwischen die beiden Varianten kommen. Vorallem, wenn man seine Mail per POP und nicht per IMAP abholt.
Abhilfe bietet Synching Thunder, eine Tool, dass es erlaubt zwei Thunderbird-Mailboxen abzugleichen.

Tipp: Die lokale Mailbox von Thunderbird findet man i.d.R. unter
C:\Dokumente und Einstellungen\<User>\Anwendungsdaten\Thunderbird\Profiles\, beim Thunderbird-Portable unter folgendem Pfad:
<Zahlenkette>.default\Mail\<hier den passenden Ordner finden>
<Laufwerk USB-Stick>:\ThunderbirdPortable\Data\profile\Mail\<entsprechende Mailbox>
Caschy hat auch eine Möglichkeit zur Synchronisation vorgestellt. Deine ist aber besser.